Mustafa Güden est né en 1965 à Kayseri, en Turquie. Après avoir obtenu son diplôme du lycée Anadolu de Kadıköy, il a terminé ses études de médecine à la faculté de médecine de Çapa de l'université d'Istanbul en 1989. Il a obtenu sa spécialisation en chirurgie cardiovasculaire à l'Institut de cardiologie de l'université d'Istanbul et a ensuite travaillé pendant 10 ans à l'hôpital Florence Nightingale de Şişli. Pendant cette période, il a également suivi une formation de courte durée à la clinique OLV en Belgique.
En 2004, le Dr Güden est devenu professeur associé et en 2013, il a été promu professeur titulaire. De 2016 à 2022, il a exercé en tant que chirurgien cardiovasculaire à l'hôpital universitaire Medipol Mega. En 2023, il a ouvert son cabinet privé à Kadıköy, Istanbul.
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