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Le département d'ophtalmologie d'Ichilov est spécialisé dans le traitement de la cataracte, du glaucome, des pathologies rétiniennes et de la cornée. Les médecins effectuent 3 500 opérations par an. En collaboration avec le département d'oncologie, les ophtalmologistes assurent le traitement des tumeurs malignes. Ils utilisent des techniques de préservation des organes : chimiothérapie intraoculaire, microchirurgie. Le Département comprend les unités d'ophtalmologie pédiatrique et le centre de transplantation de cornée où plus de 100 opérations sont réalisées chaque année.